在新疆注册公司，不同类型的公司所需材料略有不同，以有限责任公司为例，需要准备以下材料：

《公司登记（备案）申请书》：需要法人签字。

公司章程：有限责任公司由全体股东签署，章程中要明确股权分配、经营范围、管理制度等内容。

股东、发起人的主体资格文件或自然人身份证明：股东、发起人为企业的，提交营业执照复印件；为事业法人的，提交事业单位法人登记证书复印件；为社团法人的，提交社会团体法人登记证复印件；为民办非企业单位的，提交民办非企业单位登记证书复印件；为自然人的，提交身份证件复印件。

法定代表人、董事、监事和高级管理人员的任职文件及身份证件复印件：根据《公司法》和公司章程的规定，有限责任公司提交股东决定或股东会决议，发起设立的股份有限公司提交股东大会会议记录。对《公司法》和章程规定公司组织机构人员任职须经董事会、监事会、职工代表大会等形式产生的，还需提交董事签字的董事会决议、监事签字的监事会决议、职工代表签字的职工代表大会决议等相关材料。

住所使用相关文件：自有房产需提供房产证复印件；租赁地址需提供房屋租赁合同及产权人身份证 / 房产证复印件；使用孵化器地址的，需合规的园区或孵化器提供的地址证明。

募集设立的股份有限公司相关文件：募集设立的股份有限公司需提交依法设立的验资机构出具的验资证明。涉及发起人首次出资是非货币财产的，提交已办理财产权转移手续的证明文件。公开发行股票的应提交证券监督管理机构的核准文件。

行业资质许可文件：法律、行政法规和决定规定设立公司必须报经批准的或公司申请登记的经营范围中有法律、行政法规和决定规定必须在登记前报经批准的项目，提交有关批准文件或者许可证件的复印件。

如果是外资公司，还需额外提交境外股东主体资格公证（需中国驻当地使领馆认证）及中文翻译件，以及外商投资备案 / 批准文件（根据负面清单判断是否需要商务部审批）。